該村成立于1953年，行政區劃調整后，稱張掖縣黨寨鄉馬站大隊，1958年撤縣建市，稱張掖市黨寨鄉馬站大隊，1961年恢復張掖縣，稱張掖縣黨寨鄉馬站大隊。
1962年改為黨寨公社馬站大隊，1967年文革期間更名為星火公社馬站大隊，1970年6月恢復為黨寨公社馬站大隊。
1983年11月更名為黨寨鄉馬站村民委員會，2003年7月張掖市撤市成立甘州區，更名為甘州區黨寨鄉馬站村民委員會，2004年與原廿里堡鄉合并后，更名為甘州區黨寨鎮馬站村民委員會。