六鰲宋代屬安仁鄉含恩里。
元代設青山巡檢司。
明代屬十五都。
明洪武二十一年（1388年）設陸鰲守御千戶所，屬于軍事編制，隸屬鎮海衛。
陸鰲守御千戶所人口屬于軍籍，明代前期對抗御倭寇入侵起到重要作用。
至康熙十八年“復界”，許多村民沒有回居陸鰲，人口大減。
康熙三十九年重新編定保甲，陸鰲、龍澳二保并編為龍鰲一保。
民國初年實行“里鄰”制度，全半島編為六鰲里，初屬東區管轄，后劃屬第一區（區署設在舊鎮）。
1940年設六鰲鄉，轄下營、城江、鰲西、鰲東、大澳、龍南、龍北7保。
1944年，龍南龍北并為龍美保，大澳改為墩澳保。
新中國初期，六鰲屬第四區(舊鎮區)，1952年改屬第九區（深土區），分為鰲中、下寮、頂大澳、龍美4鄉。
1958年3月合為六鰲鄉，9月改屬深土公社，設六鰲管理區。
1961年7月成立六鰲公社，1984年9月政企分開，改為六鰲鄉。
1992年2月六鰲鄉改六鰲鎮并沿用至今。