尤溪口原名溪尾、溪口尾，系尤溪河之尾端而得名。
溪尾原為一個江邊小村落。
民國初期，屬南平縣管。
民國時期，閩江發展汽船航運，在此設站，尤溪縣乃至閩中、閩西、閩北大部分出入貨物，多在此轉泊吞吐，成為一個繁華的小碼頭。
民國11年冬，地方軍閥盧興邦部在溪尾設厘金局。
民國14年盧部把溪尾更名為尤溪口，以此作為尤溪縣收取各種貨稅的口岸，把原先河對岸叫尤溪口的改稱為對面街。
民國26年2月，設坵敦堡，下有丘敦、尤溪口、竹峽吾峰山三個甲，屬南平縣坂南聯保處（坂南聯保處轄三個堡：坂頭保、南溪保、坵墩保）。
民國31年正月，坵墩堡撤銷改屬南平縣南溪保。
民國36年2月，尤溪口經省政府批準劃歸尤溪縣，編入西溪鎮（今西濱鎮）。
1949年7月5日，尤溪和平解放后，尤溪口屬縣第三區（西洋區）。
1952年，土地改革時，尤溪口與附近的幾個自然村合稱尤墩鄉。
1958年，公社化時成立尤墩大隊，屬衛星人民公社（今西濱鎮）。
1959年，尤溪口鎮屬尤溪縣西洋公社。
1972年5月，因尤溪縣城至尤溪口公路干線建成；鷹廈鐵路來福支線在閩江北岸經過，普通列車在尤溪口有停點上下旅客；閩江客貨運輪船往返南平福州。
因此，人口不斷增長，住宅區、商業區不斷擴大，經省人民政府批準設尤溪口鎮。
1988年7月，經省建委批準為內河港口城鎮。
尤溪口作為閩江內陸港口鎮，成為尤溪乃至三明對外交流的重要窗口，至上世紀80年代，鎮里交通發達，商賈云集，繁華一時，有“小香港”之稱。
1987年3月，隨著國家重點工程水口水電站主體工程開工，作為庫區的全淹沒區，在距老尤溪口老鎮30米的山頂上重建了新鎮。
1989年，庫區移民陸續搬遷。
1991年，老尤溪口鎮基本完成搬遷復建任務。
1989年，水庫蓄水，老鎮區逐漸被淹，居民集體搬遷。
自此，閩江航道基本被截斷，尤溪口港口碼頭功能盡失。
2006年1月，福銀高速福建段通車，進一步弱化了鎮里的交通區位優勢，尤溪口鎮發展進入了瓶頸期。
2019年，尤溪口鎮獲評國家AAA級景區，尤墩村被列為省級旅游村。
2020年，尤溪口鎮成功入選第六批全國森林康養基地試點建設單位，被評為省級養生旅游休閑基地。
2021年，尤溪口鎮被命名為省級森林城鎮，并被授予福建省“水鄉漁村”休閑漁業示范基地稱號。
2023年，尤溪口鎮被評為“中國最美幸福宜居典范鎮”，尤墩村被評為福建省“金牌旅游村”。