1934年屬第一區（城關）。
1937年為圣安、進賢鄉的一部分。
1950年10月，屬第一區。
1956年8月，屬城關區。
1957年6月，屬東坑郊區。
1958年11月，屬東坑紅旗人民公社。
次年，屬東坑公社。
1961年7月，屬延平公社和東坑公社。
1982年，設水南街道，屬南平市人民政府城市工作辦公室。
1991年6月，撤銷城市工作辦公室，屬縣級南平市人民政府。
1992年11月，撤銷東坑鄉，東坑、尤坑、八仙、上地、玉地、嶺炳洋和羅源7個村劃歸街道管轄。
1995年1月，撤市設區，屬南平市延平區。
1999年，撤銷林鋼、尤坑、沙門、后甲、鯉魚洲5個社區。
2001年11月，水南鐵路社區改為水南社區，撤銷嶺下橋社區，成立九峰社區。
2015年撤銷院口社區，新成立了江南社區和世華社區。
2017年8月撤際頭場成立際源村。