宋至道二年（公元996年）屬崇仁鄉慶原里十五都，俗稱祖山坑，沙坑并沿至清末；1928年屬慶原區，后屬花橋區；1936年為祖墩坑聯堡；1940年設祖墩鎮；1941年祖墩鎮改為祖墩鄉，屬花橋區；1949年9月，重設祖墩鄉，屬花橋區；1956年4月，祖墩鄉分為祖墩、登山、坑口、溪畔4鄉，屬花橋區；1958年5月，4鄉合并為祖墩、坑口2鄉；10月，2鄉降為大隊，屬東風人民公社（簡稱公社）；1962年8月，升祖墩、坑口2大隊為公社，新設登山公社，屬花橋區；1966年8月，祖墩、登山、坑口3公社合并為祖墩公社；1970年，仙槎大隊劃歸渭田公社，轄10個大隊；1984年10月，政社分設，恢復鄉的建制，設立祖墩鄉，轄10個建制村；1988年，祖墩鄉林場改為甫場村，轄11個建制村。