建縣前屬政和縣政和里十八都。
明景泰六年（1455年）建縣后至清代分屬壽寧縣坊隅一、二、三圖。
1934年設青竹嶺聯保處，駐地外韋村。
1937年撤消聯保處設青竹嶺鄉，鄉公所駐地南門坑底村，轄12個保。
1941年6月青竹嶺鄉改由縣直轄。
1946年撤鄉屬鰲陽鎮。
1949年7月壽寧縣人民政府成立，8月分別屬第一區（鰲陽）、第二區（斜灘）。
1958年6月歸縣直轄，9月設登峰公社，駐地岱陽村。
1959年3月撤銷登峰公社。
1961年5月設4個小公社，屬鰲陽區。
1965年7月設岱陽公社，轄10個大隊。
1981年7月改稱清源公社。
1984年社改鄉設清源鄉，轄14個行政村。
1990年增設余山崗、龜洋村，清源鄉共轄16個行政村。
2017年9月19日，經福建省人民政府（閩政文【2017】318號）批復。
同意壽寧縣撤銷清源鄉，設立清源鎮。