據史料記載，流經鴻尾境內的溪流中曾經產黿，得名“黿溪”；人們把位于黿溪兩旁的幾個村落統稱“黿里”，這應該就是當地最原始的名稱。
唐末王穆源隨王審知入閩后在此定居，后來鄉人將黿里更名為穆源，外鄉人亦稱穆源里。
宋時屬侯官縣永安鄉的永興、清化里和石門鄉的歸德里。
元、明時屬永安鄉的十九都、二十都、二十一都、二十二都和石門鄉的十八都。
清末時稱穆源區，民國時曾改為穆源鄉。
1952年5月設十五區駐鴻尾村。
1955年7月十五區改鴻尾區，穆源從此更名為鴻尾，一直沿用至今。
解放初屬于第十區，1952年為第十五區。
1956年春，與白沙、甘蔗、荊溪、竹岐合并為白沙區。
1958年由白沙區分出，成立鴻尾人民公社。
1984年改為鄉建制。