金門的開發始于晉朝。
根據清代《金門志》的記載，晉代共有蘇、陳、吳、蔡、呂、顏六姓家族因躲避戰禍移居金門。
唐貞元十九年（803）設萬安監于此飼養馬匹。
五代閩龍啟元年（933）屬同安縣。
宋屬同安縣翔風里，舊名浯洲。
明洪武二十年（1387）設守御千戶所并筑城，取“金城湯池”之意名金門城，后延伸為島名。
明末鄭成功據此抗清，并于1661年自本島料羅灣誓師東渡收復臺灣。
清康熙十九年（1680）復屬同安縣。
乾隆四十年（1775）改屬馬巷廳。
辛亥革命后廢廳屬思明縣。
1914年置金門縣，屬廈門道。
1928年直屬福建省。
1934年屬第五行政督察區。
1935年屬第四行政督察區。
1937年被日軍侵占，1945年光復。
1949年屬第五行政督察區。
1950年屬晉江專區。
1971年改屬晉江地區。
1985年屬泉州市。
暫由臺灣當局管轄。