益鳳村的建制沿著時代發展不斷變革，唐時隸屬于閩縣。
宋、元至明代中葉屬懷安縣。
明代下葉和清代歸屬侯官縣。
清末，屬侯官縣文山區。
民國時期，屬閩侯（林森）縣五區（新店區）。
中華人民共和國成立后，1949年12月屬福州市洪山區。
1955年5月屬五鳳鄉。
1966年稱紅衛大隊，屬環城區新店公社。
1984年稱紅衛村，屬福州郊區新店鄉。
1992年稱益鳳村設立村委會，屬福州郊區新店鎮。
1995年稱益鳳村，屬晉安區新店鎮。