明代屬隆興都。
清襲明制，1931年-1934年設(shè)瓜溪鄉(xiāng)蘇維埃政府。
1935年屬隆興聯(lián)保，1939年屬隆興鄉(xiāng)，1941年5月設(shè)瓜溪保屬隆興鄉(xiāng)。
1950年解放前稱隆興鄉(xiāng)瓜溪保，1952年稱第六區(qū)瓜溪鄉(xiāng)，1955年10月稱瓜溪鄉(xiāng)屬大源，1957年9月設(shè)瓜溪鄉(xiāng)，屬萬安區(qū)。
1958年10月屬紅旗人民公社，1959年9月設(shè)瓜溪大隊，屬萬安公社。
1961年10月改屬余坊公社，至1984年9月成立瓜溪村民委員會，隸屬余坊鄉(xiāng)。