清朝時，這里屬崇隆保。
1940年，為第四區（后名海滄區）金鐘鄉東嶼保。
1946年5月屬金霞鄉東嶼保。
建國后廢除保甲制，為第四區(海滄)東嶼鄉。
1956年7月，屬石塘鄉。
1958年4月撤區并鄉，此地為海滄鄉管轄。
1958年8月，劃歸廈門市，屬廈門市郊區海滄公社，設東嶼大隊。
1961年從海滄公社析設漸美公社，轄之。
1964年漸美公社復入海滄公社。
1984年改為海滄鄉（1986年改鎮）東嶼村委會。
1987年7月郊區改集美區，轄之。
1995年10月海滄、東孚鎮劃入杏林區。
2003年10月置海滄區，轄之。
2006年1月撤銷海滄鎮析分為海滄街道、新陽街道，為海滄街道東嶼村。
2009年東嶼村“村改居”，改為東嶼社區。
2010年開始因海滄CBD片區建設需要，整村被征拆搬遷，村民分別手搬遷至海滄綠苑小區、興港花園、水云灣小區、臨港新城等。
東嶼村拆遷后，村部遷移至水云灣小區。
2014年12月海滄街道拆分增設海滄街道，歸屬海滄街道管轄。