清宣統三年（1911年），設馬家鄉。
民國二十年（1931年），馬家鄉析置黃龍、倒灌、金雞、高洞4鄉。
民國二十四年（1935年），馬家、倒灌、高洞合并為太極聯保。
民國二十九年（1940年），太極聯保改為高洞鄉。
民國三十年（1941年），從高洞鄉析置馬灌鄉。
1958年，馬灌鄉改為馬灌公社。
1984年，馬灌公社改為馬灌鄉。
1992年7月，馬灌鄉、倒灌鄉合并為馬灌鎮。
2006年3月2日，高洞鄉、黃欽鄉并入馬灌鎮。