1949年初命名深溪村。
1953年屬深溪鄉領有。
1955年深溪鄉撤銷，歸苦竹鄉領有。
1958年名深溪管區。
1961年名深溪大隊。
1984年改為深溪村。
2001年撤銷苦竹鄉，深溪村隸江豐鄉轄。
2003年12月深溪村3-10、13-15組和巖口村2-5組、和鯉魚村合并為深溪村，隸江豐鄉；深溪村1-2、11、12并入五育村，隸龍潭鎮。
2010年撤江豐鄉，其村隸龍潭鎮。
2012年改設深溪社區，隸龍潭鎮，2017年恢復為深溪村，名稱沿用至今。