北宋政和四年（1114年），境域西南置平茶洞，縣境內首領建有邑梅、平茶、石耶等，號稱土知府。
南宋淳祐十二年（1252年），境域內先后建邑梅宣化軍民府、平茶承化軍民府、石耶順德軍民府。
元大德六年（1302年），改邑梅為佛鄉洞長官司。
明洪武八年（1375年），置平茶洞長官司和溶溪芝麻子坪長官司；永樂元年（1430年），割石耶司地（今蓮花、三合一帶）置地壩洞副長官司，逐漸形成秀山地區歷史上有名的“百里四司”，即平茶洞長官司、邑梅洞長官司、石耶長官司及地壩洞副長官司。
乾隆元年（1736年），始置秀山縣，縣治駐三合場（今三合小學處）。
1949年11月20日，建立秀山縣人民政府，1983年11月7日，建立秀山土家族苗族自治縣。