原名樹德鄉，1930年改名為巷口鎮。
1942年為武隆設治局駐地，當時轄19個保。
1951年一至七及十三保續置巷口鎮，八至十二保建廣楊鄉，十四至十九保置青杠鄉。
1953年8月擴巷口鎮的鳳山、水井、芋荷、梓潼等8村建芋荷鄉。
擴黃渡、茅坪村與黃鶯鄉的部分村建黃渡鄉。
1955年10月芋荷鄉、黃渡鄉撤后黃渡、茅坪村劃回巷口鎮。
1958年5月再擴鳳山、青春、梓潼、高橋、四合等十一個村及土坎鄉的銀山、中贏村復置芋荷鄉。
1985年6月巷口鎮轄復興街、建設街、后街、馮家坡4個居民委員會及中堆村，26個居民小組。
1992年，青杠鄉、芋荷鄉、廣楊鄉并入，轄復興街、建設街等7個居民委員會33個居民小組，29個村134個村民小組。
1998年廣揚鄉劃出。
2002年5月荊竹、楊柳、茶坪劃入仙女山鎮，巷口鎮轄7個居委、18個村。
2003年12月，中嘴鄉（除柏香村夾二巖村民小組外），青吉鄉、廣揚鄉、蒲板鄉和仙女山鎮茶坪村一組劃入巷口鎮，全鎮轄49個行政村310個村民小組，8個居委35個居民小組。
2004年5月村（居）委規模調整，49個村合并為21個村。
2017年12月由于區劃調整巷口鎮分為芙蓉街道和鳳山街道。