黔江早在60萬年前“人猿揖別”后就有人類祖先活動的痕跡，其文明歷史可以上溯到原始社會。
在夏朝屬梁州，商周時期（含春秋戰國）為古濮國、巴國屬地，秦屬巴郡南部地區，首次實現境內各民族人民大融合。
西漢沿襲，至武帝建元元年（公元前140年），在梁州巴郡置涪陵縣（治所為今彭水自治縣郁山鎮，轄今酉陽秀山黔江彭水諸縣和貴州東北部），這是黔江地域置縣的開始。
元封五年，改梁州為益州，屬益州刺史部。
東漢獻帝建安六年（公元201年），將涪陵縣分為涪陵、永（萬）寧、漢葭、丹興（因為盛產硃砂、水銀而命名）4縣，屬涪陵郡，迄今已有1810年的單獨建置史。
三國、兩晉、南北朝時期沿用丹興縣名，縣治一直在楠木坪（今城東街道）。
其間由于戰亂，當地少數民族首領擁兵自保，中央政權失控200余年，致使郡縣形同虛設。
北周保定四年（公元565年），涪陵郡少數民族首領田思鶴以全郡之地歸順中央王朝，在彭水置奉州（北周建德三年改名黔州），隋時丹興縣仍屬黔州，隋開皇五年（公元585年）易丹興縣為石城縣，改屬庸州，州、縣治所均設在縣壩老場，黔江歷史上兩級機構（州、縣）首度并存。
由于開皇末年在今酉陽、秀山區域設婺川縣，使石城縣地域相對狹窄，在隋大業三年（公元607年）被并入彭水縣并隸巴東。
唐朝武德元年（公元618年），復置石城縣，治所移至無慈城（今縣壩老鷹關），屬黔州。
不久改黔州為黔中郡，管轄彭水（今彭水漢葭鎮）、洪杜（今酉陽龔灘鎮）、洋水（今彭水龍洋）、永（萬）寧（今武隆江口鎮）和石城5縣，唐貞觀四年（公元630年），治所遷回楠木坪，唐天寶元年（公元742年），因石城縣南部的萬就（足）、鹿角等地連接黔江（今烏江），所以更名黔江縣。
五代和宋朝前期屬黔州，南宋紹定元年（公元1228年）黔州升為紹慶府，黔江縣隸屬于紹慶府，到明清時期屬重慶府。
其間，明洪武五年（公元1372年）被并入彭水縣，十一年（公元1378年）設立黔江守御千戶所，十四年（公元1381年）復置黔江縣，再次出現兩級機構（所、縣）并存的情況。
清雍正四年（公元1726年）稱黔江廳，十二年（公元1734年）升為黔彭直隸廳，廳治設在黔江，轄黔江、彭水2縣，后增轄酉陽縣。
清乾隆元年（公元1736年）因“改土歸流”而廢廳復縣，屬于酉陽直隸州，此后一直沿用黔江縣名。
公元1913年屬于川東道（后改名東川道）；公元1935年后屬于四川省第八行政督察區。
1949年11月12日黔江解放，同年11月25日成立黔江人民政府，隸酉陽專區。
1950年12月，黔酉兩縣調整“插花地”，互換酉陽插入黔江正誼鄉的八、九、十村和黔江嵌入酉陽濯河鄉的第三村，1951年6月，將縣城單列為聯合鎮，同時從五里鄉分置蓬東鄉。
1952年7月，川東行政公署將酉陽縣北部的七、八、九、十4區14鄉（馬喇、官莊、濯水、濯西、水市、聯合、鵝池、學堂、砂石、太極、兩河、龍田、犁彎、早化）劃歸到黔江縣。
1953年屬于涪陵專區或謂涪陵地區。
1983年11月撤銷黔江縣，建立黔江土家族苗族自治縣。
1988年5月，增置四川省部分地區，屬黔江地區。
1997年6月，重慶直轄市成立，黔江地區隸屬重慶直轄市。
1998年，轍黔江地區，成立黔江開發區和黔江土家族苗族自治縣，成立黔江縣，為地廳級行政單位，直屬重慶市管轄。
2000年6月撤銷重慶市黔江開發區、黔江自治縣，設立重慶市黔江區，行政正廳級。