1949年前為上巖西鄉第九保轄。
1951年，改第九保分出置為農家村，隸上巖西鄉。
1953年析上巖西鄉北西部置農家鄉，村被劃屬。
1956年1月，廢農家鄉入上巖西鄉，村復隸。
1958年，以境內地名鹿井更名為為鹿井大隊。
屬上巖西人民公社。
1984年1月，改公社為鄉，鹿井大隊也同時改稱為鹿井村，隸上巖西鄉，2001年，新建黃家鎮，上巖西鄉隸屬，村隨屬。
2003年村組調整時由原鹿井村、高橋村3組、巖嘴村6組組建為鹿井村，同時設立鹿井村村民委員會，隸屬黃家鎮，沿用至今。