周赧王元年（314年），始置江州縣，屬巴郡。
南朝齊改名墊江縣。
北周孝閔帝元年(557年)為楚州地，武成三年(561年)易名巴縣，后一直沿用。
隋、唐隸渝州，北宋屬恭州，南宋屬重慶府。
元屬重慶路。
元末為明玉珍大夏政權國都。
明、清屬重慶府。
1914年屬東川道。
1935年屬第三行政督察區。
1949年11月后，初屬川東行政區巴縣專區、璧山專區。
1951年改屬重慶市。
1953年屬江津專區。
1958年屬重慶市至今。
1994年底撤銷巴縣，建立巴南區，治地不變。
2009年10月，區治所遷駐今址。