金天德三年（1151），于潞縣治設州，取“漕運通濟”之意稱通州，潞縣屬之。
元升漷陰縣為州稱漷州。
明洪武十三年（1380），漷州降為縣，稱漷縣。
1914年改州為縣，始稱通縣。
1948年底，通縣全境解放，隸屬通縣專區。
1958年3月7日國務院批準，將河北省通縣劃歸北京市。
1958年5月29日國務院批準，撤銷通縣和通州市，合并成立通州區。
1960年1月7日國務院批準，撤銷通州區，恢復通縣。
1997年4月29日，《國務院關于同意北京市撤銷通縣設立通州區的批復》國函〔1997〕30號，撤銷通縣，設立通州區。
2020年下轄17個街道鄉鎮。
2022年，下轄11個街道辦事處，11個鄉鎮。