清初成村。有別莊、彭莊2個自然村。彭莊：以姓名村，因其小，當地人通稱“小彭莊”。別莊：因別姓人家首居此地，故名。原屬順義縣。抗日戰爭時期，這里是三河、順義、平谷、密云四縣交界處，曾先后隸屬過五個抗日聯合縣，是開辟較早的抗日地區。1949年4月劃屬順義縣第三區。
1941年農歷五月初三夜，冀東八路軍十三團夜襲別莊據點，全殲偽警備隊二百多人。
1944年4月，區小隊組織并掩護一百多名民工從挖“治安壕”工地逃走。同年6月，八路軍主力十三團拔除別莊敵據點。
別莊村位于楊鎮東北部，現有住戶183戶，人口406人，耕地1498畝。
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