宋慶歷八年（1048年），福清縣建10鄉轄50里，后并為7鄉36里，平潭編為海上里、海下里，屬福清縣太平鄉。[6]
元代行政區劃與宋代相同。
明初，福清分東、西、南、北4隅。正統七年（1442年）南隅分為南上隅、南下隅。成化十八年（1482年）北隅分北一隅、北二隅。嘉靖十一年（1532年）仍為6隅，統36里、15都、112圖。平潭境域分屬南上隅、北一隅、北二隅、西隅。
清雍正八年（1730年），福清縣丞移設于平潭，以候均區、大墩區、坑北區、樸秀區、酒店區、斗門區、莊上區、敖網區、南澳區、芬尾區、北海區、高平區及9個島嶼（東庠、小庠、大練、小練、嶼頭、塘嶼、草嶼、吉釣、牛山）析歸平潭縣丞管轄。[6]
民國元年（1912年）10月至民國14年沿襲清制，劃為21區。
民國23年（1934年）3月1日設立區公所，整編保甲，委派保甲長。民國25年（1936年）5月，平潭縣分區設署，共設3個區署，轄區范圍大體與民國15年（1926年）各區公所所轄范圍一致。一區區署設后旺久；二區區署設東昆，民國27年（1938年）遷往西院；三區區署設蘇澳。
民國26年（1937年）1月實行政教合一，平潭縣3區設24個聯保辦公處。一區轄潭城、東澳、北苑（流水）、富田（大富）、東庠、大中、君山、東霞、正旺等9個聯保；二區轄湖南、北厝、西海、芬尾、仙霞、敖東、塘草等7個聯保；三區轄龍泉、玉堂、黨塹、沙峰、玉庫、蘇澳、嶼頭、雙練等8個聯保。[6]
民國28年（1939年）9月，國民政府頒發《縣各級組織綱要》，整編保甲，撤銷聯保，平潭縣設立15個鄉鎮分所。
民國31年（1942年）8月，平潭撤銷區署，改15鄉鎮為2鎮10鄉：潭城鎮、蘇澳鎮、愛群鄉、同仁鄉、塘草鄉、嶼頭鄉、中正鄉、中山鄉、龍泉鄉、潭南鄉、復興鄉、潭東鄉。將原設15鄉（鎮）時的平沙鄉、中正鄉、東庠鄉合并成立中正鄉；三民鄉、新民鄉合并成立蘇澳鎮。[6]
民國32年（1943年）10月平潭縣改設2鎮、5鄉、89保，撤銷潭東鄉、嶼頭鄉、愛群鄉、同仁鄉、塘草鄉，分別并入潭城鎮、蘇澳鎮、龍泉鄉、復興鄉、潭南鄉。
民國33年（1944年）7月，平潭縣改設潭城、蘇澳、潭東、潭南、復興、龍泉、愛群、中山、中正、東庠、嶼頭、塘草12鄉、91保。民國36年增至92保。
民國38年（1949年）5月6日，平潭人民游擊支隊攻克平潭縣城，13日，經中國共產黨閩中工作委員會批準，成立平潭縣人民政府，下劃潭南區、龍泉鄉、君山鄉、流水鄉、嶼頭鄉、大練鄉、蘇澳鄉、潭城鎮、東庠鄉、潭東鄉10個區鄉政府。7月2日，游擊隊撤離平潭后，國民政府又沿襲舊制劃分2鎮、5鄉、92保。
民國38年（1949年）9月16日，平潭解放。9月23日成立縣人民政府。民國38年9月至1950年2月平潭設1鎮3區，潭城鎮，駐地城關；一區區公所駐地后旺久，管轄范圍相當今之蘆洋、中樓、流水、東庠、嵐城、澳前等鄉鎮；二區區公所駐地北厝，管轄范圍相當今之北厝、敖東、南海等鄉鎮；三區區公所駐地蘇澳，管轄范圍相當今之嶼頭、大練、蘇澳、白青、平原等鄉鎮。
1950年2月至1951年5月設4個區公所，一、二、三區區公所駐地不變，由一區劃出1鎮6鄉成立四區，區公所設潭城鎮。
1951年5月設5個區。1952年6月至1956年3月，平潭縣設7區，一區轄8鄉63村，二區轄6鄉74村，三區轄10鄉92村，四區轄1鎮6鄉90村，五區轄6鄉44村，六區轄8鄉56村，七區轄6鄉54村，平潭縣共1鎮50鄉473村。
1956年3月，區鄉合并，重新劃分為中樓、蘇澳、北厝3個區和潭城鎮，中樓區轄11個鄉，蘇澳區轄8個鄉，北厝區轄10個鄉，潭城鎮轄2個鄉。
1958年4月，撤區并鄉，平潭縣重新劃分為1鎮15鄉，分別為潭城鎮、湖西鄉、敖東鄉、芬尾鄉、塘嶼鄉、草嶼鄉、潭東鄉、蘇澳鄉、國彩鄉、平原鄉、嶼頭鄉、大練鄉、中樓鄉、君山鄉、流水鄉、東庠鄉。
1958年8月建立平潭縣人民公社，設潭城、平原、流水、敖東4個分社，下轄46個大隊。1961年7月人民公社體制變動，平潭縣劃分嶼頭、大練、蘇澳、平原、中樓、東庠、流水、潭城、潭東、北厝、敖東、南海12個人民公社，轄120個生產大隊。1981年11月，從平原公社析出，設白青公社。
1980年4月，潭城人民公社分為城關鎮和嵐城人民公社，1982年9月改稱潭城鎮人民政府。
1984年9月撤銷公社建制，成立鄉鎮人民政府，潭東公社改為潭東鄉，蘆洋農場改為蘆洋鄉，保留農場單位建制。同年10月蘇澳鄉改設蘇澳鎮，12月潭東鄉更名澳前鎮。
1992年7月22日福建省民政廳批準，撤銷北厝鄉，設立北厝鎮，原管轄區范圍不變。1994年12月27日福建省民政廳批準，撤銷流水鄉，設立流水鎮，原管轄區范圍不變。
1995年底平潭縣設5鎮、10鄉、194個村民委員會（其中居民委員會6個）、555個自然村（居民區）。
2009年7月，根據國務院《關于支持福建省加快建設海峽西岸經濟區的若干意見》精神，福建省委決定設立平潭綜合實驗區。