洪澤，借湖得名。夏朝時，為淮夷人聚落。西周時，是徐國腹地。春秋時期，屬吳、越；戰國時期，屬楚國；秦時，境內東部屬東陽縣，南部屬盱臺（眙）縣，西部屬徐縣，北部屬淮陰縣。
漢朝時，境域先后分屬徐、高平、睢陵、盱眙、富陵、淮陰、東陽、平安等縣。
三國時期全境屬魏。晉時，隸屬多變，境內先后分屬淮陰、東陽、盱眙、山陽等縣。南北朝南齊永明七年（公元489年），割直瀆、破釜（破釜塘即洪澤湖一部）以東，淮陰鎮下流雜100戶置淮安縣。洪澤境東部始屬淮安縣。
隋時，地處下邳郡、江都郡邊界，東部屬安宜縣、山陽縣，南部屬盱眙縣，西部屬徐城縣，北部屬淮陰縣。
唐時，全境處泗州與楚州邊界，東部屬寶應縣、山陽縣，南部屬盱眙縣，西部屬徐城縣、臨淮縣，北部屬淮陰縣。
五代時，地處后晉邊境；后，境域大部屬南唐。
北宋時，全境處泗州和楚州邊界，東部屬寶應縣，南部屬盱眙縣，西部屬臨淮縣，北部屬淮陰縣、山陽縣。南宋、金時期，境域分屬金與南宋。
元時，境域處河南江北行省、東道宣尉司邊界，東部屬山陽縣、寶應縣，南部屬盱眙縣、臨淮縣，西部屬泗州，北部屬桃源縣、清河縣。
明時，全境屬南京（南直隸），地處鳳陽、淮安、揚州三府邊界；東部屬寶應縣，隸揚州府高郵州；南部屬盱眙縣，西部屬泗州，隸鳳陽府；北部屬桃源縣、清河縣，東北屬山陽縣，隸淮安府。
清初沿明制；康熙時全境處江蘇布政使和安徽布政使司邊界；嘉慶時，全境處江蘇省、安徽省邊界。
民國時，全境處江蘇、安徽兩省邊界。西部屬泗縣，南部屬盱眙縣，隸安徽省淮泗道；北部屬泗陽縣、淮陰縣，東部屬淮安縣、寶應縣，隸江蘇省淮揚道；后略有調整，分隸安徽省第六行政督察專員公署和江蘇省第五（后改為第七）、第六行政督察專員公署。
抗日戰爭時期，新四軍開辟洪澤湖地區根據地，境內先后建立淮寶縣和洪澤縣，后撤銷。
抗日戰爭開始后，中國共產黨領導的新四軍二師在洪澤湖以東開辟根據地，于民國30年（公元1941年）10月在縣境東部（洪澤縣岔河鎮）建立淮寶縣政府（1950年2撤銷）；新四軍四師開辟洪澤湖根據地，于民國31年（公元1942年）4月在縣境西部洪澤湖區建立洪澤縣政府（期間因故曾臨時撤銷，后即恢復，并于民國36年即公元1947年6月撤銷），洪澤置縣始于此。時，縣境內設有兩個縣級民主政府。
中華人民共和國成立初至1952年2月，全境曾分屬泗洪、盱眙、泗陽、淮陰和淮寶5縣。
1950年2月后至1956年5月建縣前，全境分屬泗洪、盱眙、泗陽和淮陰4縣。
1956年5月，經中華人民共和國國務院批準，重新設置洪澤縣，隸屬江蘇省淮陰專員公署。
1983年，實行市管縣體制，淮陰專區改為淮陰市，洪澤縣隸屬淮陰市。
1985年12月，江蘇省人民政府對洪澤縣行政區劃重新調整，洪澤湖部分水面及淮河、臨河、半城、成河等鄉鎮劃出，盱眙縣和淮陰縣部分村劃進，全縣仍隸屬江蘇省淮陰市。
2001年2月，淮陰市改名為淮安市后，洪澤縣隸屬淮安市延續至今。
2016年7月，撤銷洪澤縣，設立淮安市洪澤區，以原洪澤縣的行政區域為洪澤區的行政區域。
2016年10月8日，淮安市洪澤區正式掛牌成立。