鎮政府駐地清末時為阜陽至焦陂的過路店，1904年興集，因王姓住戶居多，故名“王店”。
1948年10月阜陽市成立，設立王店區，轄王店、東清、西清、岔路口4鄉。
1949年屬許堂區。
1950年5月設立王店區，下轄16個鄉；1958年10月撤銷王店區，成立王店人民公社；1962年1月恢復王店區建制；1969年3月撤銷王店區，再置王店人民公社；1979年8月恢復王店區，轄9個人民公社；1983年7月所轄公社均改鄉；1981年2月成立王店區公所；1985年2月王店鄉改為鎮；1992年2月撤區并鄉時，原王店鎮、西清鄉、十二里廟鄉、韓寨鄉合并為王店鎮。
2005年丁寨村劃歸京九街道。
2006年區劃調整中,唐郢村、肖郢村、張大郢村劃歸京九街道，其余27個村合并為14個村1個居委會，即韓寨村與金莊村合并為韓寨村，胡廟村、胡莊村、方王村合并為胡廟村，連三村與新莊村合并為連新村，王店村與部寨村合并為王店居委會，郭莊村與原王店村的一部分合并為余莊村，楊郢村與宋郢村合并為雙郢村，王寨村與唐莊村合并為王寨村，劉新莊村與陳營村合并為劉新莊村，張莊村與眾寺村合并為新建村，朱橋村與寧小村合并為寧小村，桃花村與大任莊村合并為桃花村，十八里村與盧莊村合并為盧莊村，顧莊村、十二里村、高棚村三個村區劃沒有變動。