炎黃時代帝嚳（黃帝曾孫）代顓頊為帝，都于亳（今亳州市）。
夏朝境西北為有虞氏，東南為涂山氏。
商湯建立商朝，都亳。
周初亳州境內置焦國。
秦代隸泗水郡，后隸碭郡。
西漢時期地隸沛郡。
東漢時期隸豫州沛國。
北周大象元年（579），始改南兗州為亳州。
唐開元年間，詔以亳州為“望”州府之一。
五代時期亳州先后置宣武軍、防御州、團練州。
北宋大中祥符年間，升為集慶軍，置節度使。
元代改屬河南江北行中書省歸德府。
明初亳州改隸鳳陽府。
清雍正二年（1724），亳州升為直隸州。
1912年，亳州改為亳縣。
1948年8月，成立亳州市。
1949年2月，市縣合并，恢復亳縣建制。
1986年，撤銷亳縣，設立亳州市（縣級）。
2000年，撤銷縣級亳州市，設立地級亳州市。