1949年初屬肥東縣吳店區吳店鄉；1958年屬埠里公社；1965年劃歸長豐縣，由埠里公社劃出成立吳店公社，為吳店公社吳店大隊；1968年吳店公社并入羅集公社，吳店大隊屬之；1971年再置吳店公社，吳店大隊屬之；1983年體制改革，為吳店鄉吳店村；1992年3月撤區并鄉，隨吳店鄉并入雙墩鎮，隸屬雙墩鎮；后原上洼村的小魏莊、楊糖坊、上劉洼、下劉洼、倪崗、河洼、孫崗并入吳店村；2002年吳店村改為吳店社區，隸屬雙墩鎮至今。